지난 4일 대통령실은 최근 3년간 비영리 민간단체에 지급된 국가보조금 9조 9000억 원 중 6조 8000억 원 규모의 사업에 대해 일제 감사를 벌인 결과 1865건의 부정·비리를 적발했다고 발표했다. 이뿐만 아니라 국무조정실 정부합동 부패예방추진단 역시 6일 전국 17개 시도교육청을 대상으로 지방 교육재정 운영 실태를 점검해 97건의 위법·부적격 사례를 발견했다고 밝혔다.

방문규 국무조정실장은 7일 국고보조금을 받는 비영리 민간단체를 감사한 결과 1조1000억원 규모 사업에서 1865건의 부정·비리를 적발한 것과 관련해 "전체 보조금 규모에 비해서는 소액이라고도 생각될 수 있지만 이번 적발된 것이 빙산의 일각일 수도 있기 때문에 앞으로 더욱 철저한 관리가 필요하다"고 전했다.
행정안전부는 올 1월 전국 17개 시·도 기조실장회의를 열고 전국 243개 지자체가 비영리 민간 단체에 지급한 보조금에 대한 전수조사에 돌입했다. 추가경정예산이 반영되지 않은 본예산 기준 연도별 민간 부문 지방보조금은 문재인 정부 초기인 2018년 13조 3296억 원에서 매년 증가해 2022년에는 17조 1192억 원으로 5년 만에 28.4% 급증했다.

이번 조사에서 지자체들은 보조금의 목적 외 사용, 거짓이나 부정한 방법으로 지방보조금을 받는 부정 수급 여부 및 지출 서류 조작과 같은 회계 처리 위법성 등의 문제를 중점 점검한다.

방문규 국무조정실장은  "이번에 적발된 사항들에 대한 엄정한 조치가 필요하다"며 "각 부처는 비위의 경중에 따라 수사의뢰, 감사원 감사의뢰 등을 신속하게 하고 부처 자체적으로 감사결과를 다시 한 번 세밀하게 검증해 재발 방지 대책을 마련해달라"고 당부했다.
이어 "확정된 감사 결과에 대해서는 보조금 법령에 규정한 대로 보조금 반환, 향후 정부보조사업 참여 배제, 명단공표 등 필요한 법적조치들을 철저히 취하고 그 결과를 보고해달라"고 주문했다.

이와 관련해 정부는 적발된 단체에 대해 '보조금법' 및 동 시행령상 규정된 요건에 해당될 경우 향후 2~5년 정부 보조사업 수행 배제 조치를 추진해 실질적인 제재효과를 극대화할 방침이다.

하지만 중앙정부에 등록한 지자체 지부나 지회가 지자체마다 별도로 등록된 경우가 많아 중복 수급이나 허위 수급을 구분하기 쉽지 않다는 지적이 벌써부터 나온다. 등록 법인에 대한 통계가 허술하게 관리된 탓에 대표자 명의만 바꿔 별도로 등록하면 중앙정부와 지자체에서 모두 수급받는 구조적 문제가 있어서다. 지자체별로 산재된 비영리 민간 단체의 현황부터 체계적으로 파악하는 것이 우선이라는 지적이 나오는 이유다.
박대출 국민의힘 정책위의장은 9일 오전 국회에서 열린 원내대책회의에서 "국고보조금 지방보조금 교육교부금 종류에 관계없이 심각한 누수 현상이 일어나고 있다"며 이렇게 말했다.

그는 "보조금 천국 이젠 마침표를 찍어야 한다"며 "일부 시민단체들은 국민 세금을 받아 잇속 챙기기에 여념이 없다"고 지적했다. 그러면서 "문재인 정권 5년간 시민단체 국고 보조금이 연평균 4000억원씩 급증했고 총 22조원 넘게 지원됐지만 정작 관리 감독이 이뤄지지 않았다"고 지적했다.
이어 "대북지원단체 민족화해협력범국민협의회(민화협)는 북한에 소금 지원을 한다며 지방자치단체 보조금 5억원을 받아 관련자의 부동산 계약금으로 사용했고, 혈세를 지원한 전남도청은 민화협이 소금을 사서 북한 전달했는지 제대로 확인도 안했다고 한다"고 문제를 제기했다.
민족화해협력범국민협의회(민화협)가 지자체 보조금으로 대북 소금지원 사업을 추진할 당시 정부의 물품 반출 승인도 받지 않았던 것으로 확인됐으며, 일부 관계자는 7일 민화협의 대북 소금지원 사업과 관련해 "민화협이 지난 2020년 8월 물품 반출 승인 신청을 했으나 서류가 미비해 보완 요청을 했고, 이후 추가 신청은 들어오지 않았다"라고 말했다. 
 
대북지원단체가 북한에 물품을 반출하려면 반출승인 신청서, 반출계획서, 북측 상대자와의 반출계약을 증명하는 서류 등을 제출해 사전에 통일부로부터 승인을 받아야 한다. 통일부는 당시 민화협이 제출한 서류 중 어떤 부분이 미비했는지는 밝히지는 않았다.
앞서 민화협은 지난 2019년 전라남도의 보조금 5억원을 받아 북한에 소금을 지원하는 사업을 추진하기 위해 A업체에 실무 진행을 총괄 위임했으나 대북제재와 남북관계 경색 등으로 인해 실제 지원은 이뤄지지 않았다. 이후 소금의 소재가 불분명해지면서 민화협 내부에서 보조금은 유용한 것 아니냐는 의혹이 제기돼 최근 경찰 수사까지 진행 중이다.

민화협은 전날 "2022년 10월 A업체 대표가 사망하면서 소금의 소재 및 A업체 담당자가 불분명해졌고 민화협의 해당 사업 담당자도 사직해 내부조사에 한계가 있었다"면서 지난 4월초 경찰에 수사를 의뢰했다고 밝혔다.
윤석열 대통령은 13일 민간단체 보조금 비리 문제에 대해 “국민의 혈세가 정치 포퓰리즘의 먹잇감이 됐다”면서 “이는 납세자에 대한 사기 행위이고 미래 세대에 대한 착취 행위”라고 밝히며 내년도 예산 편성시 보조금 예산을 모두 ‘제로베이스’에서 검토하라고 지시했다.